V každém konkrétním případě rakoviny prsu musí odborníci při rozhodování a plánování péče správně zvolit metodu léčby, respektive kombinaci léčebných metod. Velkou pozornost musí především věnovat tomu, jaké vedlejší nežádoucí účinky jednotlivé léčené metody mají. Odborníci se zaměřují hlavně na pozdní a velmi pozdní nežádoucí účinky léčby, které se mohou projevit v rozmezí několika měsíců až několika let. U žen, které mají rakovinu prsu a které mají podstoupit ozařování, jsou zásadními nežádoucími účinky poškození srdce (kardiotoxicita), poškození plic (pneumotoxicita) a zvýšení rizika sekundárních nádorů.
Velmi pozdní nežádoucí účinky ozařování rakoviny prsu se projevují na plicní tkáni. Podle odborníků, kteří vycházejí z dostupných studií a dlouholetých zkušeností, je ozáření většího objemu plic jednoznačně spojeno s rozvojem plicní fibrózy, což jsou změny plicní tkáně. Plicní fibróza může být spojena s opakovanými zápaly plic a chronickým kašlem.
V případě ozařování v rámci léčby rakoviny prsu, je důležité se zaměřit na redukci záření na důležité orgány, tedy i na plíce. Protonová léčba umožňuje snížit dávky záření na důležité orgány (srdce, věnčité cévy, plíce a druhostranné prso). Nižší dávky záření vedou k menšímu riziku vzniku nežádoucích účinků a nižšímu riziku vzniku druhotných nádorů.